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La publicación manga de Samurai X
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En 1994 Watsuki creó una versión que fue publicada en Shonen Jump hasta su final en 1999. El manga consiste en 28 volúmenes tankobon que vendieron más de 47 millones de copias en Japón a partir del 2007. El argumento de Kenshin está dividido en tres partes: Tokio, Kyoto, y Jinchu. La parte de Jinchu no tuvo animación, excepto por las partes que trataban sobre el pasado de Kenshin.

La parte Jinchu contiene una gran cantidad de historias de Kenshin incluyendo el encuentro con su primera esposa, Yukishiro Tomoe, y los eventos que resultaron en su famosa cicatriz. El argumento se concentra principalmente sobre personajes que rodearon a Kenshin mientras ‘Hitokiri Battosai’ buscaba vengarse de él por sus acciones pasadas. En la parte Jinchu también hay una temática romántica más fuerte.

En Julio de 2006 los editores japoneses de Samurai X estrenaron la edición kanzenban. Cada volumen de los kanzenban viene con una nueva cubierta. El kanzeban fue planeado para llegar a formar 22 volúmenes, con el lanzamiento de dos por mes. Como bonus, el kanzeban incluye Yahiko no Sakabato, una historia extra que aparecía en Weekly Shonen Jump pero nunca fue coleccionada en libros en Japón.

La publicación manga de Samurai X
La publicación manga de Samurai X

Yahiko no Sakabato

En el 2000 fue seguido por Yahiko no Sakabato, que Viz estrenó en una edición de Shonen Jump en Septiembre del 2006. La historia gira alrededor de Myojin Yahiko, quien acepta desganada la tarea de enseñar en el dojo Kamiya Kasshin Shinto. En el dojo, Yahiko descubre que Kiuhara Midori, la hija del dueño del dojo y tres estudiantes estaban secuestradas por un criminal llamado Muto Kaname. Yahiko derrota fácilmente a Muto y a un policía que creía que había que ejecutar a todos los criminales por el bien de la era Meiji. Yahiko vuelve con sus estudiantes y los somete a un duro entrenamiento durante el resto de su tiempo en el dojo.

Vuelve a Tokio a final de mes y va al restaurante Akabeko para visitar a Sanjo Tsubame, sin saber que todo el viaje había sido planeado por Kenshin para que Yahiko se fortaleciera.